Согласно п. 2 ст. 346.11 НК РФ организации, применяющие упрощенную систему налогообложения (УСН), не признаются налогоплательщиками НДС, за исключением НДС, подлежащего уплате при ввозе товаров на территорию РФ и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией (включая суммы налога, подлежащие уплате при завершении действия таможенной процедуры свободной таможенной зоны на территории Особой экономической зоны в Калининградской области).
Для целей уплаты НДС налоговая база определяется датой принятия на учет налогоплательщиком импортированных товаров на основе их стоимости (п. 14 Протокола о косвенных налогах). Стоимость приобретенных товаров (в том числе товаров, являющихся результатом выполнения работ по договору (контракту) об их изготовлении) складывается из цены сделки, подлежащей уплате поставщику за товары (работы, услуги) согласно условиям договора (контракта).
Если цена сделки определена в иностранной валюте, то для пересчета в рублевый эквивалент используется курс валюты на дату принятия товаров к учету, согласно положению "Об обмене информацией в электронном виде между налоговыми органами государств - членов Евразийского экономического союза об уплаченных суммах косвенных налогов".
Суммы НДС, фактически уплаченные при ввозе товаров, учитываются в стоимости таких товаров в случае приобретения их лицами, не являющимися плательщиками НДС (пп. 3 п. 2 ст. 170 НК РФ).
При этом налогоплательщики, применяющие упрощенную систему налогообложения (УСН), учитывают предъявленные суммы НДС в стоимости товаров, предназначенных для торговли, следующим образом:
Такой порядок следует применять и к суммам НДС, уплаченным при ввозе товаров на территорию РФ с территории государств - членов ЕАЭС, согласно Договору о Евразийском экономическом союзе.
Чтобы НДС, уплаченный при ввозе товаров из стран ЕАЭС, учитывался в расходах в целях УСН не единовременно, а по мере реализации ввезенных товаров, необходимо настроить флаг для значения Приняты расход значения Приняты расходы по приобретенным товарам (работам, услугам) в группе настроек Входящий НДС (раздел Главное - Настройки - Налоги и отчеты).